Satker BLU memiliki karakteristik yang berbeda di bandingkan dengan instansi lainnya, namun BLU sendiri merupakan bagian dari K/L yang dikelola oleh PNS dan Non PNS namun tidak mencari keuntungan dan mendapatkan sumber dana rupiah murni APBN serta pendapatan BLU itu sendiri. Tujuan BLU itu sendiri adalah meningkatkan pelayanan masyarakat dalam rangka memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa.
Pertanggungjawaban yang sesuai dengan standar akuntansi pemerintah akan menjadi titik signifikan dalam pencapaian tujuan legal formal maupun tujuan substantif pengambilan keputusan. Namun demikian dalam usaha untuk mempertanggungjawabkan keuangan pemerintah daerah, beberapa pemerintah daerah masih mengalami kendala dalam hal pengelolaan keuangannya mulai merencanakan dan menganggarkan, menetukan tarif, memungut, membelanjakan hingga membuat laporan pertanggungjawabannya.
Selain permasalahan teknis yang dijelaskan di atas, permasalahan dalam pengelolaan keuangan BLU juga karena kurangnya pemahaman SDM. Dengan demikian, untuk mengatasi permasalahan pengelolaan keuangan BLU selain dibutuhkan aturan-aturan pengelolaannya, juga dibutuhkan Sumber Daya Manusia yang handal. Pemenuhan SDM yang handal dalam pengelolaan keuangan BLU ini juga menjadi perhatian Pusbang Aparatur Kementerian Perhubungan . Mereka berkeinginan untuk mengikutkan pegawai yang menangani pengelolan keuangan BLU atau diproyeksikan akan menangani pengelolaan keuangan BLU tersebut untuk mengikutisertakan Pendidikan dan Pelatihan Pengelolaan Keuangan BLU. Dengan mengikuti diklat tersebut, diharapkan mereka mempunyai kompetensi teknis dalam pengelolaan keuangan BLU di unit kerjanya masing-masing.
